Mikroskop filtreleri, görsel gözlemler ve dijital kamera kullanarak çekim yapmak için kullanılır. Görüntünün renk dengesini iyileştirmeye, kontrastı ve parlaklığı artırmaya ve optik bozulmaları düzeltmeye yardımcı olurlar. Renge bağlı olarak filtre, ışığın belirli bir dalga boyunu bloke ederken diğer dalga boylarının geçmesine izin verir.
Mavi filtre, kırmızı spektrumu keser, görüntüye soğuk bir renk tonu verir, halojen ışık kaynağından gelen sıcak aydınlatmayı doğal hale getirir ve faz kontrastı kullanıldığında görüntü netliğini artırır. Yeşil filtre, akromatik objektiflerden kaynaklanan küresel bozulmayı düzeltmek ve faz kontrastlı objektifler kullanıldığında görüntü netliğini iyileştirmek için kullanılır. Sarı filtre, renk sıcaklığını azaltır, halojen ışık kaynağı kullanıldığında renk oluşturmayı iyileştirir ve metallerin yapısı incelenirken görüntü netliğini artırır. Dağınık aydınlatma elde etmek için mat bir filtre kullanılır. Düşük büyütme oranlı objektifler üzerinde çalışırken özellikle kullanışlıdır.
Tüm ışık filtreleri geçirimli ışıkta çalışacak şekilde tasarlanmıştır.